Sau khi gặp được Lã Thúy Kiều, cả hai về sống chung với nhau rồi cùng thành lập công ty TNHH thương mại và tổng hợp Kiều Thiên Phát chuyên kinh doanh đồ gia dụng, mỹ phẩm vào năm 2013. Phú Lê đảm nhận chức phó giám đốc trong khi vợ anh giữ vai trò giám đốc của công ty. Kể từ đó, anh bắt đầu học tập về kinh doanh, quản lý nhân sự và lên ý tưởng, chiến lược bán hàng cho công ty của gia đình.[14][15]

Tuy nhiên, vào năm 2015, công ty Kiều Thiên Phát bị cơ quan chức năng thành phố Hà Nội xử phạt 50 triệu đồng, thu hồi giấy phép hoạt động vì sản xuất 4 tấn sản phẩm không công bố chất lượng trước khi lưu thông trên thị trường. Tháng 7 năm 2015, ban chỉ đạo Quốc gia chống buôn lậu gian lận thương mại và hàng giả có mặt tại trụ sở kiêm xưởng sản xuất mỹ phẩm của công ty Kiều Thiên Phát và phát hiện nhiều biểu hiện nghi vấn về sản xuất hóa mỹ phẩm kém chất lượng. Theo lời khai báo, công ty đã tự mua hóa chất không rõ nguồn gốc xuất xứ, được đựng trong các thùng không ghi nhãn hiệu, không tem, mác hoặc ghi bằng chữ Trung Quốc, rồi tự pha chế ra các loại sản phẩm.[16] Cũng tại cơ sở sản xuất, cơ quan chức năng thu được nhiều tem nhãn hàng ghi xuất xứ "Made in Germany", tem chống hàng giả của công ty, tem chống hàng giả của bộ Công an.[17]

Sang đến tháng 3 năm 2017, vợ anh tiếp tục thành lập Công ty TNHH Dịch vụ thương mại và Xuất nhập khẩu Thiên Phú, chuyên buôn bán thực phẩm chức năng, thuốc chữa bệnh tại Tân Mai, Hoàng Mai, Hà Nội. Vợ chồng Phú Lê thường xuyên chia sẻ thông tin về công ty này và rao bán các sản phẩm trên mạng xã hội.[14] Vào tháng 4 và 5 năm 2019, Phú Lê cùng vợ bị cơ quan chức năng điều tra do rao bán sản phẩm chưa được cấp giấy phép nhưng quảng cáo có công dụng như thuốc chữa bệnh.[18] Các sản phẩm do công ty Thiên Phú phân phối cũng bị điều tra vì không ghi rõ địa chỉ sản xuất, thành phần gồm có những chất gì.[19]